ただ、以下の説明で分からない部分が 1ヶ所でもあれば、この方法はお薦めしません。
また、あくまでボクの手法ですので、どんなコトが起きようとも、ボクは責任を負いかねます。あらかじめご了承ください。　m(_._)m

※ この方法は正規ライセンスな OS が 2つ要ります。
※ 出来れば Win2K + WinXP 推奨。
※ Win98 でも不可ではないですが…とある理由により推奨しません。

1. デュアルブート環境を作る

   　バックアップのススメを見てもらえれば分かりますけど、ボクの環境は

   　　C: WinXP　（サブ）
   　　D: Win2K　（メイン）

   　のデュアルブート環境になってます。
   　これは、起動してない方の OS からは、他方の OS が入ったドライブを「丸ごとコピー」だけでバックアップ／レストアできるからです。
   　※なんで C:Win2K／D:WinXP じゃないのかと言うと、単に以前は C:Win98／D:Win2K で使ってた名残です。

   　以下、新規にデュアルブート環境を作る場合の手順をば。

   1. C: に Win2K をインストール
   2. Win2K の初期インストールが完了したら、Win2K 上から D: に WinXP をインストール

2. 初期バックアップ　（Level.0）

   2つの OS のインストールが終わったら、お互いのバックアップを取ります。
   ボクは Win 標準のエクスプローラーが嫌いなので、ファイル管理ソフト FileVisor（※ シェアウェア）を使ってますが、使い慣れたファイラーが有ればそれで構いません。

   1. WinXP の初期インストールが完了したら、C:（Win2K）を丸ごと（※）バックアップ用のフォルダーにコピー　（2K-Level.0）
   2. 再起動後、2K を起動して D:（WinXP）を丸ごとバックアップ用のフォルダーにコピー　（XP-Level.0）

   ※ 【Recycled】（ゴミ箱）や【System Volume Information】、ブート用のファイル群、あとスワップファイルは除く／以下同じ

3. 第一次セットアップ　（Level.1）

   このままでは使い物にならないので、初期セットアップを行います。
   これは避けて通れないので、頑張って進めてください。　(^^;

   ※ 以下、ボクの場合のセットアップ順を。
   ※ この辺りは環境ごとに違いますので、あくまで参考までに。

   1. DirectX
   2. チップセット INF
   3. ビデオカード
   4. サウンドカード
   5. LAN カード
   6. Tweak UI
   7. コンパネ各種設定
   8. 窓の手
   9. FEP IME　（WXG4）　※ MS-IME は削除 :-)
   10. レジストリ最適化

   まだテキストエディターやブラウザー（Sleipnir）などのツール類はセットアップしません。
   あくまで OS として必要最低限のセットアップを完了した時点で Level.1 とします。

4. 第一次バックアップ　（Level.1）

   ↑の手順を終えた時点で、Level.1 バックアップを取ります。
   これまた、起動した OS から他方のドライブを丸ごとコピーでオッケー。
   片方が終わったら、もう片方も同じように。

   ※ 面倒ければ、メインOS だけセットアップして、もう片方はあくまでメンテ用として、そのまま放っておいても構いませんが。

5. 第二次セットアップ　（Level.2）

   続けて、よく使うツール類（アプリケーション含む）のセットアップですが、インストするプログラムが増えれば増えるほど不安定になるのが Windows 。
   どこまでインストするのかは、それぞれの判断で。

   1. メーラー設定　（Outlook Explress）
   2. ブラウザー設定　（Sleipnir）
   3. FTP
   4. メディアプレーヤー　（6.4 に戻しますが何か？）
   5. GV
   6. TeraPad
   7. うんぬん…
   8. かんぬん……

   Level.1 と Level.2 の違いですが、これはあくまでボクが勝手に格付けしてるだけの話ですので、参考程度に聞き流してください。
   要するに、出来る限り素に近い状態が Level.1 、最低限そろった自分環境が Level.2 と位置づけてます、ボク的に。

6. 第二次バックアップ　（Level.2）

   以下同文。　（ぉ

7. 復元

   使い込んでくうちにどんどん不安定になっていく Windows と言うのは誰しもが経験したコトだと思います。
   そんな時、OS の再インストに踏み切りたいけど、やたら時間が掛かるのがアレだなぁと言う時、溜まったメールやらのバックアップだけ取って Level.2 の状態にすぐに戻せれば楽だと思って、Win2K が出た頃からこんな感じで運用してます。

   1. 現在使ってる OS（普通はメインOS）を万が一に備えて待避
      1. サブOS を起動
      2. メインOS をドライブごと別ドライブ（別フォルダー）に待避
         （例: D:\ → F:\_BackUp_\W2K\Level.X）

   2. 【Recycled】（ゴミ箱）やブート用ファイル群（有る場合）等のシステムファイルを除き、すべて削除
   3. デフラグ　（えー
   4. 保管してある Level.2 を書き戻す

   あ、レストア前にはバックアップを忘れるとヒドい目に遭います。　(´;ω;｀)
   くれぐれもご注意を。

Win2K + WinXP なら NTFS で構わないんですけど、敢えて全ドライブとも FAT32 で運用してたりします。
万が一、Win98 の起動フロッピーでアクセスしなくちゃいけなくなった時とか、バックアップカートリッジを別マシンで読みたい時とか、C: のブートローダーごと WinMe に書き換えて遊んだりする時とか（ﾄﾞｶﾊﾞｷ

まず、NTFS ドライブが有ると、Win9x系 OS ではアクセスできないと言う点が一つ。
ボクの場合は全ドライブ FAT32 なので関係ないんですが、今度は小文字ファイル名の問題があります。

Win2K／XP で記録された 8+3 の小文字のみのファイル名は、Win9x系から読むと、大文字のファイル名としか認識されません。
よって、Win98 から Win2K のバックアップを取ると、大文字／小文字の変換が勝手に行われてしまうファイルが多数出てきます。

とりあえず、ボクが運用してきた限りでは問題になるような場面はありませんでしたが、大文字／小文字が判別されるインターネット上においては、問題が発生します。
復旧後に手動で直すコトも出来なくはないですが、ハッキリ言って面倒くさい上に、1文字でも間違えると、それこそ本末転倒です。